En junio de 1965 la misión Gemini 4 estadounidense comenzó los primeros experimentos militares americanos en el espacio, lo que llevó a las autoridades militares soviéticas a tomar medidas urgentes para comenzar experimentos similares en el espacio lo antes posible.
El sistema de escape se disparó en consecuencia, llevándose la cápsula con él pero produciendo la explosión del cohete portador y produciendo la muerte y heridas a varias personas.
Tras el tercer lanzamiento de prueba (Cosmos 140), finalizado en fracaso y con la cápsula teniendo que ser recuperada del fondo del mar de Aral, se decidió lanzar el primer vuelo tripulado, la misión Soyuz 1, que tras varios problemas finalizó con la muerte de su único ocupante, Vladímir Komarov.
Tras el desastre de la Soyuz 1 la cápsula fue rediseñada a fondo.
Consideró dos opciones: La segunda opción era la más atractiva, ya que el sentido de la aceleración generada daba a las Soyuz la orientación vertical correcta para poder hacer experimentos de forma continuada en ellas.