Estas secuencias han sido encontradas en miembros de las familias virales picornavirus, retrovirus y herpesvirus.
Además, recientemente se han encontrado secuencias IRES en ARNm de organismos eucariotas, especialmente en proteínas implicadas en la regulación del ciclo celular, así como mecanismos apoptóticos.
El IRES presente en estos virus tiene un plegamiento característico y en muchos estudios se ha visto una relación directa entre la estructura del ARN y la función del IRES.
Estas regiones mantienen al dominio 3 del IRES en una conformación adecuada para ser reconocidos por la maquinaria traduccional.
Sin embargo, hay varias advertencias que se deben tener en cuenta al interpretar los datos producidos con construcciones de indicadores bicistrónicos.