Contrario a otras ciudades precoloniales de la región, Monte Negro presenta una única etapa constructiva, por lo que se le ha interpretado como una ventana única a los procesos ocurridos en la región oaxaqueña durante el período.

[3]​[6]​[7]​ Tras su abandono, la ciudad se ha mantenido como sitio simbólico entre los pueblos mixtecos desde el posclásico[8]​hasta la actualidad.

[11]​[12]​[13]​En ese momento se encontraba en la VII temporada de exploraciones en Monte Albán y el equipo técnico que acompañaba este proyecto ya había realizado recorridos previos en la Mixteca Alta.

[14]​[15]​Estas exploraciones dieron con los sitios de Yucuita, Chachoapan, Pueblo Viejo (Teposcolula), Yatachío y Yucuñudahui.

Igualmente en 1935 Caso había realizado excavaciones cerca del templo de Santiago Tilantongo y analizado piedras labradas.

Al parecer se preocuparon más por el estudio del sitio que por su posterior estado, dejando cúmulos de residuos esparcidos en el área que se han llegado a confundir con montículos arquitectónicos del preclásico.

Ya interpretandolo como un enclave militar de Monte Albán en la Mixteca[20]​o incluso como un asentamiento aymara en Oaxaca.

[23]​ Un proceso similar al sinoicismo de la Antigua Grecia, pero que parece descartar la presión demográfica sobre los recursos como motivo del reasentamiento.

[15]​ Sin embargo, otros investigadores que han trabajado en el sitio, han notado la existencia de más elementos arquitectónicos que descartan una separación entre los dos conjuntos y muestran más bien una adecuada adaptación a la forma de la montaña.

[32]​ Como muchos sitios urbanos del período, Monte Negro no presenta un tipo de traza o forma urbana estándar o "mixteca"; más bien parece un experimento local con nuevos patrones arquitectónicos y formas administrativas.

Sus estructuras superiores fueron construidas de adobe o bahareque, que se conserva en algunos casos.

Estos últimos se distinguen de los primeros al no presentar un sistema o rutina en su distribución espacial y ser prácticamente todos primarios.

Se encontraron ciertas variaciones que para el antropólogo físico Javier Romero indicaban posiblemente una transición o periodo intermedio de las fosas a las tumbas, donde la etapa intermedia correspondería a las fosas cubiertas por losas, apoyadas en bordes de excavación o sobre algunas piedras irregularmente dispuestas.

De igual manera, se notaron mutilaciones dentarias en un adulto, quien presentó una incrustación de pirita en los caninos superiores, así como incrustaciones y limaduras en el borde incisal en el incisivo central superior derecho.

Los restos humanos de Monte Negro muestran evidencias también de ciertas prácticas interesantes como la decapitación entre hombres y la trepanación, esta última no se presentaría sino años más tarde en Monte Albán.