Las ligas siguen las reglas de ascenso y descenso; sin embargo, existen criterios para el ascenso desde la Japan Football League a la J3 League, donde se requiere apoyo a nivel local, grupos de simpatizantes y patrocinios.
El quinto y sexto nivel consiste de nueve ligas regionales paralelas, que son operadas por nueve asociaciones de fútbol regional diferentes, algunas tienen múltiples divisiones.
Ya en los niveles séptimos e inferiores, las ligas son distribuidas en las 47 prefecturas.
Los equipos de J1 y J2 entran a la Copa del Emperador directamente, mientras que los equipos de niveles inferiores clasifican por torneos eliminatorios en sus prefecturas.
(Meiji Yasuda J1 League) 18 clubes (20 temporada 2024) ↓ 3 descienden (Meiji Yasuda J2 League) 22 clubes (20 temporada 2024) ↑ 2 ascienden + 4 a torneo reducido para el ascenso ↓ 3 descienden (Meiji Yasuda J3 League) 20 clubes ↑ 2 ascienden + 4 a torneo reducido para el ascenso ↓ 0 a 2 descienden de manera condicional