Para el eonotema Proterozoico no se han podido definir sistemas, debido a lo escaso y reducido de los registros fósil y estratigráfico, aunque sí se han establecido divisiones en periodos mediante unidades cronométricas (valores absolutos en millones de años), sin asociar, por tanto, a unidades cronoestratigráficas equivalentes.
Los sistemas del eonotema Fanerozoico se definieron durante el siglo XIX, comenzando en el Cretácico (por el geólogo belga Jean d'Omalius d'Halloy en la cuenca parisina) y el Carbonífero (por los geólogos británicos William Conybeare y William Phillips) en 1822.
Los eratemas Paleozoico y el Mesozoico fueron divididos en los sistemas que se usaban en el momento, antes de la segunda mitad del siglo XIX, excepto por una pequeña revisión en la que se añadió el Ordovícico en 1879.
El Cenozoico ha tenido recientemente algunas correcciones realizadas por la Comisión Internacional de Estratigrafía.
Otro cambio reciente ha sido la división formal del eonotema Proterozoico en sistemas, decidido en 2004.