A los diez años ingresó en el Seminario de Segorbe.

Allí cursó filosofía con Antonio Galiana y obtuvo el grado de maestro en artes, continuando luego con otras disciplinas propias de la carrera eclesiástica; se llegó a doctorar en Teología, pero destacó sobre todo como un filólogo competente en griego, hebreo y latín que con el tiempo llegaría también a dominar árabe, francés, inglés e italiano, fuera de su nativo valenciano.

Y cuando el botánico Antonio José de Cavanilles publicó las Observaciones sobre el Reyno de Valencia (1795-97), se azuzó definitivamente su interés por la ciencia botánica.

Pese a que se embarcó con Badía para el Norte de África, este le dejó plantado.

Publicó varios artículos entre 1806 y 1807 en el Semanario de Agricultura y Artes dirigido por Francisco Antonio Zea, que formaría luego en el año 1807 su obra Variedades de la vid común que vegetan en Andalucía.

La caída de Godoy y la Guerra de la Independencia trastornaron todos estos ambiciosos planes; Clemente intentó nadar entre las dos aguas, la afrancesada y la patriota, pues su talante liberal le aproximaba al gobierno josefino, pero no quería pasar por colaboracionista, como hizo su amigo Mariano Lagasca, que rechazó los cargos que Joseph Bonaparte le ofreció en el nuevo gobierno y se alistó en el ejército español como médico.

Circuló libremente por Andalucía y Madrid sin ser molestado, pero en 1812 se refugió en Titaguas.

Se conserva una estatua suya realizada por José Gragera e inaugurada en 1865 en el Real Jardín Botánico de Madrid.