Hace siglos, el malvado señor feudal Gengetsu Kibaoni fue asesinado por el clan ninja Igasaki, antes de que este renunciara a su humanidad para convertirse en Yōkai.
En su primer intento de renacer, Kibaoni fue derrotado y Yoshitaka Igasaki, un hombre conocido como el Last Ninja,[Notas 2] le selló.
Como solo los que tienen la sangre de los Igasaki pueden detener a los destructivos Yōkai, el hijo de Yoshitaka, Tsumuji Igasaki, recluta a los Ninninger, sus hijos Takaharu y Fūka, y los primos de estos Yakumo Kato, Nagi Matsuo y Kasumi Momochi, para que aprendan el Shuriken Ninpō (手裏剣忍法, Shuriken Ninpō?)
Más tarde, un japonés-estadounidense que tiene sus propios poderes ninja se une al equipo como su sexto miembro.
Juntos, luchan contra las fuerzas del Ejército para recuperar los Shurikens del Sello para tratar de encarcelar a esta fuerza malvada una vez más antes de difundir el miedo y la oscuridad en todo el mundo.