Shepenupet II fue adoptada por su predecesora en el cargo, Amenirdis I, hermana de Piye.

Mientras estaba en el cargo, tuvo que llegar a un acuerdo para compartir el poder con el alcalde de Tebas, Mentuemhat, Cuarto Servidor del Dios.

[2]​[3]​ Su sobrina, Amenardis II, hija de Taharca, fue nombrada su heredera.

En 656 a. C., en el año 9 del reinado de Psamético I, recibió a Nitocris en Tebas.

[4]​[5]​ Su capilla funeraria se encuentra en el complejo templario de Medinet Habu.