En el primer juego, Shantae es descrita como una mitad genio, la descendencia de un padre humano y una madre Guardian Genie a quienes nunca conoció, ya que desaparecieron cuando ella era solo una bebé.
Cuando la malvada pirata Risky Boots llega a la ciudad y roba la máquina de vapor de su tío adoptivo Mimic, se embarca en una aventura para detener a Risky y recuperar la máquina.
Al final del juego, ha llegado a un acuerdo con su naturaleza y se siente aliviada al escuchar del alcalde Scuttlebutt que el hecho de que no sea un genio completo no importa, ya que demostró su valía al detener a Risky.
Esto, sin embargo, fracasa en Shantae y la maldición del pirata cuando la magia que escapó del cuerpo de Shantae despierta al viejo mentor de Risky, el Maestro Pirata, lo que lleva a Shantae y Risky a alcanzar una tregua temporal para derrotarlo, ya que Shantae necesita luchar con objetos mágicos y Equipo pirata de Risky ya que ya no tiene sus poderes.
En Half-Genie Hero, Risky vuelve a ser la antagonista, mientras intenta tomar el control del Reino Genie, un lugar etéreo donde todos los Genios Guardianes estaban encerrados hace varios años, cuando Shantae era solo una bebé.
En The Seven Sirens, Shantae y sus amigos visitan una isla tropical, donde conoce a un grupo de otros medio genios que son secuestrados por Risky y los gobernantes de la isla, las Siete Sirenas.