Llegando a un acuerdo Shantae podría recuperar su magia y Risky sus armas y su ejército de tinkerbeats, las dos enemigas forman una alianza frágil para recuperar los fragmentos de magia e impedir la resurrección del Pirate Master.
Sin sus poderes de genio, Shantae debe aprender a ser una pirata para terminar su aventura y salvar la Scuttle Town.
Estos tienen varios usos que sirven para ir desbloqueando obstáculos de distintas zonas y son claves esenciales para ir avanzando el juego.
[9] Lugares anteriores y nuevos aparecen a través de Sequin Land.
Shantae and the Pirate's Curse fue descrito cómo dos veces más largo que Shantae: Risky's Revenge y el jugador visita nuevas zonas cómo el infierno y los cielos.