Estaba situado junto a la calle de la Princesa.

En 1808, tras la invasión napoleónica, los soldados españoles se instalaron en el edificio para organizar la defensa, y hubo que suspender las clases.

En 1809, un decreto de José Bonaparte lo transformó en hospital militar.

En 1836, con la abolición de los privilegios de la nobleza, el Seminario cerró definitivamente sus puertas, y el edificio se utilizó para albergar la Universidad de Alcalá durante su traslado a Madrid, antes de encontrar una cesión como hospital militar —inaugurado en 1841[4]​ y en el que se reunieron diversos hospitales destinados a tal fin que existían previamente en la ciudad—.

[5]​ En sus dependencias el hospital contaba con un laboratorio químico y con el Museo Anatomopatológico.