[1] Esta institución se mantenía económicamente de los bienes que habían pertenecido a los jesuitas, expulsados de España, por el rey Carlos III, en 1767.
En él se formaron varias generaciones de futuros sacerdotes pero también muchos intelectuales y profesionales liberales que tras pasar por sus aulas no se decidieron a seguir carrera eclesiástica.
Entre los primeros pueden señalarse Graciliano Afonso o Antonio Pereira Pacheco y Ruiz y entre los segundos destacan José Agustín Álvarez Rixo,[2] Francisco Fernández de Béthencourt[1] o Gregorio Chil y Naranjo.
Este carácter librepensador del centro y de su profesorado le supuso un enfrentamiento permanente con el Santo Oficio.
Cervera, al fundar el Seminario lo dotó de unas Constituciones que desterraban el monopolio de la escolástica;[4] Herrera de la Bárcena tuvo problemas por utilizar libros prohibidos, como el Opstraet, para las materias teológicas;[5] el obispo Tavira por su amistad con Jovellanos y sospechoso de jansenismo;[4] o el canario Verdugo que mantuvo una posición decidida a favor de la abolición de la Inquisición[5][4] El Seminario acogió la primera biblioteca pública de la región, creada por el rey Carlos III en 1774.