Su organización se articula en secciones, grupos de trabajo y programas específicos.

Por todo ello se constituyó una primera Junta Gestora, presidida por el Dr. Julio Sánchez Salvador que no logró culminar la constitución de la Sociedad ante las discrepancias surgidas en cuanto a la estructura que debía poseer.

Durante el período entre 1984 y 1987, se constituyen progresivamente la mayor parte de las Sociedades Autonómicas, contando la semFYC con 2.000 socios y socias al cumplirse los tres primeros años de su funcionamiento.

Se trata del mayor evento anual en España relacionado con la Medicina familiar y comunitaria.

Los Grupos de Trabajo científicos de la semFYC (GdT semFYC) investigan y tratan con aquellos temas sanitarios que más preocupan a la sociedad.