Clasificaria en la primera ronda como primero del grupo 6 En la repesca de AFC para el mundial de 2006, Baréin empató con Uzbekistán como visitante 1-1, y como local a 0:0; por lo que pasó por la regla del gol de visitante.En la eliminatoria, el partido disputado en Puerto España dejó un empate 1-1, pero en Manama, los trinitarios vencieron 1-0, eliminando a Baréin de la Copa Mundial.Baréin volvió a disputar un partido de repesca, esta vez ante Nueva Zelanda por un cupo en Copa Mundial de Fútbol 2010, quedando eliminado.Su tercer puesto en el grupo le permitió jugar la repesca ante Arabia Saudita, por el quinto lugar: Los dos países que finalizaron en el tercer lugar de los grupos A y B se enfrentaron entre sí para definir al quinto puesto de las eliminatorias, el cual enfrentó posteriormente a Nueva Zelanda por una plaza para la Copa Mundial de Fútbol.El vencedor fue Baréin, que empató ambos encuentros pero resultó favorecido por la regla del gol de visitante.