Shinkai nació en la prefectura de Fukuoka, Japón, en 1944.
Su principal campo de especialización e intereses de investigación son la química host-guest, el reconocimiento molecular, los cristales líquidos /geladores orgánicos, la detección de azúcar/ química combinatoria basada en azúcar, los ácidos borónicos, las interacciones polisacárido-polinucleótido, la transcripción sol-gel y la química combinatoria inorgánica.
Su investigación más reciente está relacionada con la discriminación quiral mediante AIE .
En 1979 publicó la primera máquina molecular impulsada por luz en Tetrahedron Letters.
[3] Hasta la fecha (julio de 2019) ha publicado más de 1024 artículos originales y 219 reseñas y libros.