El primer profesor era el holandés J. L. C. Pompe van Meerdervoort, y fue de las primeras instituciones de medicina occidental (no Kampō) en Japón.

[2]​ En 1861 se fundó el hospital, y después de la Era Meiji la escuela se convirtió en una escuela de medicina pública prefectural posteriormente nacional.

Después se desarrolló en la Escuela vocacional de Medicina de Nagasaki (長崎医学専門学校, Nagasaki igaku senmon gakkō?

Más de 800 profesores, alumnos y trabajadores médicos murieron.

El instituto se trasladó temporalmente a Ōmura, Nagasaki en setiembre de 1945, y después a Isahaya, Nagasaki en 1946.