[5] Además de estas interacciones directas, los disolventes también pueden jugar un rol dominante indirecto en el reconocimiento molecular en disolución.
[10][11][12][13] El reconocimiento molecular juega un papel importante en los sistemas biológicos, observándose en las relaciones receptor-ligando,[14][15] antígeno-anticuerpo, ADN-proteína, azúcar-lectina, ARN-ribosoma, etc. Un ejemplo importante de reconocimiento molecular es el antibiótico vancomicina, que se une selectivamente a través de cinco puentes de hidrógeno con los péptidos que poseen un extremo terminal D-alanil-D-alanina en células bacterianas.
Trabajos recientes sugieren que los elementos para el reconocimiento molecular pueden ser producidos sintéticamente a nano escala[16] dándole la vuelta a la necesidad de obtener elementos de reconocimiento molecular producidos naturalmente para su uso en el desarrollo de herramientas sensibles a pequeñas moléculas.
Polímeros biomiméticos como los peptoides pueden ser usados para reconocer objetivos biológicos grandes como proteínas[17] y la conjugación de polímeros a nanomateriales fluorescentes sintéticos pueden generar estructuras macromoleculares que pueden servir como anticuerpos sintéticos para el reconocimiento y detección óptica de proteínas.
Este tipo de mecanismo es estudiado para su aplicación en sensores químicos altamente funcionales.