El Campeonato Ecuatoriano de Fútbol de Segunda Categoría 1990 fue la edición N.º 17 de la segunda división del fútbol ecuatoriano, este torneo es el tercer escalafón en la pirámide del Fútbol Ecuatoriano por detrás de la Serie A y Serie B, para esta edición nuevamente el torneo sería considerado el tercer nivel y nuevamente sería para el ascenso a la Serie B, el campeón del torneo sería el cuadro del Green Cross que sería el 3° equipo manabita en salir campeón de la Segunda Categoría detrás del Dep.
del Valle en el torneo de 1980 y 9 de Octubre(M) (actual Delfín) en la edición de 1988, mientras que el subcampeonato sería para el cuadro de Espoli que en su segunda participación lograría el ascenso y se convertiría en el primer cuadro representante de la Escuela Superior de Policía en ascender.
[1] El Green Cross lograría su primer título que le daría la oportunidad de participar en el Campeonato Ecuatoriano de Fútbol Serie B 1991, mientras que el cuadro de Espoli obtendría el primer subcampeonato que también le daría la oportunidad de participar en aquel campeonato.
Fase provincial (Primera Etapa) Fase regional (Segunda Etapa) Fase final (Tercera Etapa) Clasificados como Primeros (Ganadores de cada Grupo)
Pts=Puntos; PJ=Partidos jugados; G=Partidos ganados; E=Partidos empatados; P=Partidos perdidos; GF=Goles a favor; GC=Goles en contra; Dif=Diferencia de gol