La Secretaría de Marina, creada en 1958 con dependencia del Ministerio de Defensa Nacional, tuvo con incumbencia todos los asuntos relacionados con la Armada Nacional (actual Armada Argentina).

Fue el despacho del arma naval bajo el ministerio de carácter civil aunque reportaba de forma directa al presidente de la República.

La sustituyó el despacho del Comando de Operaciones Navales a fines de 1966.

[2]​ Sus competencias atendían todo lo relacionado con el mar a fines de navegación y defensa, de acuerdo al artículo 26.º de la mencionada ley.

[2]​ El 23 de septiembre de 1966, el dictador Juan Carlos Onganía confeccionó una nueva Ley Orgánica de Ministerios (n.º 16 956), que transfirió las competencias de la Secretaría de Marina al Comando de Operaciones Navales.