No gestiona, sin embargo, las políticas gubernamentales en formación profesional que, desde el año 2020, corresponden a una Secretaría General independiente.
[2] En mayo de 1996 la Secretaría de Estado es suprimida y sus funciones fueron asumidas por la Secretaría General de Educación y Formación Profesional,[3] situación que se mantiene hasta 1999 cuando se recupera y que se repetirá entre 2004 y 2008.
El cambio de Gobierno de 2018, que supuso la llegada a la presidencia de Pedro Sánchez, este decide remodelar la estructura ministerial dividiendo el antiguo Ministerio de Educación, Cultura y Deporte en tres nuevos ministerios, a saber: Ministerio de Educación y Formación Profesional que asume las competencias educativas, el Ministerio de Cultura y Deporte que recupera su autonomía y asume las competencias culturales y de impulso del deporte y el Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades, que asume las competencias en educación superior.
[7] En 2020, el nombre de la Secretaría de Estado es simplificado, perdiendo el término "formación profesional" de su nomenclatura debido a la creación de la Secretaría General de Formación Profesional, que sustituyó a la Dirección General homónima y que depende directamente del Ministro.
De acuerdo con los Presupuestos Generales del Estado para 2023, la SEE participa en once programas: