Posee un gran ventanal con arco apuntado en el lado sur de la cabecera y tres en el costado norte con dos óculos en los dos lados y rosetones góticos en el lado norte.
Acabadas las obras en el año 1498, sería dotado más adelante de capillas (la del Cristo y la actual sacristía (s. XVI-XVII), de una girola ciega o deambulatorio que envuelve la base del ábside (s. XVII), de un pórtico (s. XVIII) y una ampliación de la casa hospedería, hoy casa cural (s. XVIII-XIX).
Posteriormente en 1882 se remata y alza un poco el campanario, cambiando su cuerpo de campanas.
También se dota de un nuevo órgano, y en 1941, tras un vendaval que destrozó el tejado, fue sustituida en este la teja por pizarra.
[3] El santuario está dedicado a la Virgen de la Encina, copatrona de Álava junto a San Prudencio.