El santuario es catalogado como monumento histórico por el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) para su preservación.

Fue el mismo obispo Alcalde quien costeó los gastos de la construcción del templo, así como la construcción de varias casas que se rentarían a bajo precio para las personas pobres que quisieran habitarlas, llamadas «las cuadritas» del Barrio del Santuario.

[3]​ El templo se pensó, desde un principio, estaría dedicado a la advocación mariana de Nuestra Señora de Guadalupe, por la cual el obispo sentía gran fervor.

Posteriormente, el 3 de diciembre de 1779, el obispo Alcalde dio un fondo de cuarenta mil pesos para que se edificarán 19 casas más, todo lo que fuera necesario para el servicio religioso y las casas para el cura, los ministros, el capellán y el sacristán.

Solo en la fachada hay tres cuerpos en el sentido vertical que hacen referencia a la Santísima Trinidad.