[4]​[5]​[6]​ Fue destruido en el año 373 a. C. Las esculturas del frontón son atribuidas a Praxias y Andróstenes, atenienses.

[7]​ De una proporción similar, en el segundo templo se mantuvo el patrón 6 x 15 columnas en el estilobato.

El Parnaso, montaña cortada por profundas gargantas inaccesibles, se consideró desde los tiempos más remotos la sede de las Musas.

[14]​[15]​[16]​ El oráculo fue escogido de acuerdo a otra tradición con base en una grieta en la tierra que existía bajo el templo y del cual emanaban gases volcánicos que eran inhalados por la Pitia y podían hacerla entrar en algún tipo de trance.

Apolo lo mató y dejó que el brillante Hiperión (el Sol) lo pudriera en griego antiguo: pytho.

[20]​ Muerto el monstruo, Apolo neutralizó los últimos intentos de Gea por conservar la supremacía del sacro lugar, convirtiéndose en señor absoluto, no sin antes haber abandonado la región durante un tiempo para purificarse del crimen, porque también los dioses debían someterse a la ley común de los homicidas (deicida en este caso).

[11]​[27]​[13]​ Otras tumbas se han hallado al oeste del santuario, hacia la Marmaria.

La cerámica prueba que existe una continuidad de ocupación del lugar durante el periodo llamado oscuro o dórico, que corresponde en términos arqueológicos al submicénico ( 1100 - 1025 a. C., al protogeométrico (1025 - 900) y al comienzo del geométrico propiamente dicho, que va del 900 al 700 a. C. Se piensa que Apolo se apropió del santuario a lo largo de estos siglos, pero sin llegar a sustituir a un antiguo dios, llamado Peán o Peane.

Después de luchas prolongadas e inciertas, Cirra quedó destruida y su territorio fue confiscado en beneficio del santuario.

En el 480 a. C., los persas enviaron tropas para intentar conquistar Delfos, pero fueron puestas en fuga por una violenta tempestad según un mito griego: la historia contaba que un grupo de delfios huyó ante la llegada del destacamento enviado por Jerjes I y se refugiaron en el templo, pero los dioses les prohibieron retirar los tesoros del templo compuestos de los tributos donados por los devotos y acumulados a lo largo de siglos; sin embargo, los delfios recibieron buenos portentos y 60 decidieron quedarse en el templo a confrontar a los persas, cuando estos arribaron desde Fócida y comenzaron a subir la cuesta del Parnaso escucharon truenos y gritos de guerra provenientes del templo de Atenea; tras esto, dos gigantescas rocas cayeron rodando por la cuesta del monte y estas aplastaron a muchos soldados persas.

[28]​ Los persas entonces huyeron perseguidos por dos gigantes vestidos de guerreros a quienes los delfios luego identificarían como los héroes griegos Filaco y Autono que poseían santuarios en el complejo.

Hasta el 421 a. C., tras la paz de Nicias, en plena guerra del Peloponeso, Delfos no recuperó su independencia.

Expulsados por Filipo II de Macedonia, los foceos se vieron obligados a pagar una gravosa indemnización y perdieron sus votos en la anfictionía, donde entró Filipo, que había incluido a Macedonia en la anfictionía.

En el 328 a. C., Filipo II intervino y puso fin a esta última guerra sagrada con la derrota de los locrios.

Los celtas cayeron sobre Tesalia a las órdenes de Breno, llegaron hasta las Termópilas; donde en un principio fueron contenidos, para después retirarse.

Estas condiciones climáticas unido al apoyo etolio y de los focidios, salvaron el templo.

Durante todo el siglo III a. C. y hasta el 168 a. C., el santuario estuvo controlado por la Liga Etolia.

En el 167 a. C., los romanos, tras la victoria sobre Perseo, su último rey, hicieron de Macedonia una provincia y controlaron Delfos.

Nerón, en el 67, retiró casi 500 estatuas y dividió la llanura de Cirra ente sus legionarios.

El templo más antiguo, destruido por un incendio en el 548 a. C., fue obra de los legendarios arquitectos: Trofonio y Agamedes.

La parte meridional se apoyaba sobre una muralla, que a su vez descansaba en una terraza inferior sostenida por un muro poligonal.

Las Pitias eran consideradas como las esposas del dios Apolo y es por eso que consagraban toda su vida a practicar su culto.

[32]​ Sin embargo, algunos historiadores han propuesto relaciones de como era consultado el oráculo pero con pequeñas diferencias;[33]​ como por ejemplo, que la Pitia no balbuceaba palabras incoherentes sino que daba su profecía de manera clara y directa.