Se dice que el monte Tsukuba es venerado desde que las primeras poblaciones comenzaron a poblar la región de Kantō, base del culto sintoísta, donde se veneran los espíritus (Kami) de la naturaleza.
El sintoísmo es la religión nativa de Japón, y el budismo ingresó en el siglo VI en el sur de Japón, pero su avance al norte del país fue lento.
La fecha de fundación del santuario es desconocida, la población de los alrededores, se formó junto al santuario, que está situado en la ladera sur del monte Tsukuba.
La fe es profunda, desde los tiempos en que se creó la Provincia de Hitachi (llamada actualmente Prefectura de Ibaraki).
El santuario posee reliquias rituales provenientes desde esa época, correspondiente al siglo VIII.