De vuelta a Salamanca, su tío falleció poco después del regreso.

Allí se dedicó a lograr el progreso espiritual de sus fieles.

Sin embargo, prefirió callar y solía decir: «Al único que es necesario siempre tener contento es a Nuestro Señor».

Desde muy de madrugada ya estaba levantado y repetía frecuentemente: «Nuestro gran tesoro es el momento presente.

El Señor Dios nos tomará estricta cuenta del modo como hemos empleado nuestro tiempo».

Un día al regalarle sus camisas a un necesitado le recomendó: «Váyase rápido, no sea que llegue mi hermana y no permita que Ud.

Respecto a su labor pastoral entre los pueblos indígenas, buscaba la manera de hacerse entender por estos, bien fuera aprendiendo y hablándoles en su propia lengua o, cuando la lengua de estos le era desconocida, buscando otras maneras, como varias veces le sucedió.

Su interés por los indígenas no se limitaba a la evangelización, pues se empeñó en mejorar sus condiciones de vida, especialmente de aquellos empleados en las grandes propiedades rurales y en las minas.

Convocó y presidió el III Concilio Limense (1582-1583), al cual asistieron prelados de toda Hispanoamérica, y en el que se trataron asuntos relativos a la evangelización de los indígenas.

Hizo construir caminos, escuelas, varias capillas, hospitales, conventos y fundó el primer Seminario americano en Lima en 1591, que en la actualidad lleva su nombre.

Insistió y obtuvo que los religiosos aceptaran parroquias en sitios supremamente pobres.

La primera de estas visitas se inició en 1584 recorriendo el norte de la sierra peruana desde Lima hasta Cajamarca, pasando por Chachapoyas y Moyobamba, invirtiendo en ella seis años.

Esta fiesta, «El Vítor», ha sido declarada de Interés Turístico Nacional.

Su devoción se encuentra muy extendida principalmente en el Perú, y en Mayorga (España).