Santo Tomás in Formis pasó a manos del Capítulo de San Pedro, perdiendo su actividad hospitalaria y dejado por más de un siglo en el abandono total.

[4]​ En 1663 la iglesia fue completamente reconstruida por el Capítulo de San Pedro, así es como se aprecia en la forma actual del edificio.

Finalmente en 1925 solo la iglesia y una parte del convento fueron restituidos a la Orden Trinitaria,[5]​ del hospital no quedaba ya nada, salvo el portal del antiguo convento, donde se encuentra el mosaico comisionado por san Juan de Mata al maestro Giacobo y su hijo Cosmato.

Los siete vitrales que permiten que la pequeña iglesia sea toda ella iluminada son obra de Samuel Pulcini, colocados en el 2000 con ocasión del Jubileo.

El altar del lateral izquierdo está dedicado a Santo Tomás Apóstol y el altar lateral derecho a san Juan de Mata.