[8]​ Tras este hecho, el PVEM denunció a Nieto Castillo ante la PGR por una vulneración del debido proceso a Pablo Escudero Morales, exvocero del Partido Verde quien también era investigado, además sobre la labor de Nieto Castillo como asesor del PRD en el Senado, ya que se argumentaba que los encargados de esa unidad no debían tener experiencia laboral partidista porque esto generaría conflicto de intereses.

[12]​ En 2017, Nieto Castillo informó que la FEPADE a su cargo obtuvo una orden de aprehensión contra el exgobernador de Chihuahua, César Duarte Jáquez, por la financiación ilegal para la campaña del Partido Revolucionario Institucional en ese estado.

[20]​[19]​[21]​ Nieto Castillo ha sostenido que su destitución fue una decisión arbitraria con el fin de proteger tanto a Emilio Lozoya como a la imagen del presidente Peña Nieto.

[22]​[23]​[24]​ El 22 de mayo del 2018, el exfiscal se integró a la campaña del candidato presidencial por la coalición Juntos Haremos Historia, el izquierdista Andrés Manuel López Obrador, en un acto público en el estado de Jalisco.

Para su reemplazo, se nombró al exdiputado federal Pablo Gómez Álvarez.

Es autor de las obras: Es autor de diversas voces del Nuevo Diccionario Jurídico Mexicano (2001) y Enciclopedia Jurídica Mexicana.