Se formó como futbolista en las categorías inferiores del Real Madrid y fue en múltiples ocasiones internacional con las selecciones españolas juveniles.

El entrenador del conjunto madridista era el neerlandés Leo Beenhakker, que ese año consiguió el título de Liga.

El conjunto riojano firmó una buena campaña, quedando 7.º en la clasificación, y el Real Madrid decidió repescar a Santiago Aragón.

En ese momento se hizo famoso en el fútbol nacional por el gol que le marcó a Andoni Zubizarreta desde el centro del campo.

En la temporada 93/94 se convirtió en el cerebro de un Real Zaragoza que deslumbró, ganando la Copa del Rey y quedando 3.º en Liga.

Con la llegada de Txetxu Rojo al banquillo zaragocista, Aragón volvió a tener confianza y el equipo hizo una excepcional campaña en la 99/00, quedando 4.º.

Y finalmente, su última temporada como profesional fue la 02/03, en la que el Real Zaragoza logró el ascenso a Primera División.

Aragón empezó la temporada como titular y dejando ver que su calidad iba demasiado sobrada en la categoría.