Es uno de los pocos sitios bizantinos todavía existentes en la zona.

Santa Sofía fue construida en Trebisonda durante el reinado de Manuel I entre 1238 y 1263.

Después que Mehmed II conquistó la ciudad en 1461 la iglesia fue convertida en mezquita y sus frescos fueron cubiertos de cal.

La iglesia fue construida con planta de cruz en cuadrado, pero con una forma exterior que toma la forma de una cruz gracias a importantes porches al norte y al sur.

Los externos relieves en piedra que adornan figurativo y otro que están en consonancia con las tradiciones locales se encuentran en Georgia y Armenia.