Fue edificado sobre una loma con vistas al río San Pedro por el coronel del ejército español de origen irlandés Hugo O´Conor para el rey de España Carlos III.

Estos contribuyeron al abandono de la guarnición en 1780 y el traslado del presidio a la actual Santa Cruz (Sonora).

En 1878, el presidio fue ocupado brevemente por el ejército de los Estados Unidos, pero fue abandonado más tarde ese mismo año.

Actualmente se identifican los testimonios de los muros en adobe del Presidio e instalaciones auxiliares.

Sus ruinas son las mejor conservadas de entre los presidios novohispanos construidos desde Texas a Alta California.