[4] Los principales ríos del municipio son todos afluentes del río Papaloapan, el principal es el río Tonto, que es el principal origen del Papaloapan y que desde su nacimiento en la Sierra de Zongolica recorre todo el noreste del municipio y marca el límite estatal con Veracruz, además el río Coyolapa recorre el noroeste del municipio, marcando el límite municipal con Zoquitlán y Eloxochitlán, y se une al Tonto en el vértice de San Sebastián Tlacotepec, Eloxochitlán y el estado de Veracruz; finalmente el río Petlapa recorre el sur del municipio, sirviendo del límite con el estado de Oaxaca.
[6] La variedad de altitudes define el tipo de clima y temperaturas que se registran en San Sebastián Tlacotepec, encontrándose clasificados tres tipos de clima, la zona norte tiene clima Cálido húmedo con lluvias todo el año, la zona central y sur registra clima Semicálido húmedo con lluvias todo el año y finalmente la zona del suroeste del territorio tiene un clima Cálido húmedo con abundantes lluvias en verano;[7] las zonas en que se registran la temperatura media anual siguen aproximadamente el mismo patrón, siendo en el norte de 22 a 24 °C, y avanzando hacia el sur y suroeste de 20 a 22 °C, de 18 a 20 °C y 16 a 18 °C;[8] San Sebastián Tlacotepec se encuentra en una de las zonas con mayor promedio de precipitación anual de México, siendo el promedio en una zona del sureste de su territorio superior a los 4,000 mm de lluvia al año, a esta zona la envuelve otra en que el promedio va de 3,500 a 4,000 mm y finalmente el norte y el suroeste del municipio tiene un promedio de 3,000 a 3,500 mm.
[9] La flora del municipio de San Sebastián Tlacotepec se divide en vegetación tropical en su zona norte y templada en el sur, el norte está cubierto por selva alta perennifolia, mientras que el sur, en las alturas de la sierra del Axusco se encuentra cubierto por bosque templado.
[14] San Sebastián Tlacotepec cuenta con un total de 57 localidades, siendo las principales y su población según el Conteo de 2005, las siguientes: El gobierno del municipio le corresponde al ayuntamiento que está formado por el presidente municipal, un síndico y el cabildo integrado por seis regidores, electos por mayoría relativa, todos son electos mediante elección directa, universal y secreta para un periodo de tres años que no son renovables para el periodo subsiguiente pero si de forma alternada y entran a ejercer su cargo el día 15 de febrero del año siguiente a su elección.
[15] El municipio se divide en tres juntas auxiliares, las juntas auxiliares están integradas por el presidente municipal auxiliar y cuatro miembros propietarios y sus respectivos suplentes, son electos mediante un plebiscito popular el último domingo del mes de marzo del año correspondiente a la elección y asumen su cargo el 15 de abril siguiente.