En 1399 el obispo de Burgos, D. Juan de Villacreces, dio el visto bueno a la fundación, hecho explicable al ser Miranda y su comarca tierra alternante entre ambas diócesis, y en 1400 el papa Bonifacio IX la confirmó.En lo sucesivo, aunque vinculados por su común historia y orden religiosa, los monasterios tuvieron unas andaduras independientes.La vieja crujía claustral sobreviviente es prolongada por otras tres alas que cierran salvo por el lado de poniente el cuadrado del patio ajardinado.Seguía modelos del gótico hispano-flamenco, aunque ya muy influido por el Renacimiento, y como novedad el arquitecto potenció la cabecera modulando un espacio unitario junto con el crucero.En el lado de la Epístola (sur) se conserva un arco trilobulado tapiado que pudo ser una puerta o un vano sepulcral.En la construcción, a base de volúmenes decrecientes, pudo influir su emplazamiento en sitio abrupto.
