Habitado desde la antigüedad por la cultura Olmeca-xicallanca que floreció la ciudad de Cacaxtla, el lugar debe su nombre a la leyenda de la aparición de San Miguel Arcángel en 1631 en el cerro del Tzopiloátl cercano a Cacaxtla, tras la aparición, el sitio comenzó a poblarse y para 1680 ya existía una ermita y una hospedería para los peregrinos que año con año comenzaron a llegar a visitar a San Miguel Arcángel y a tomar el agua supuestamente milagrosa que existe en el lugar ya que Miguel es el arcángel más poderoso.

Por tanto, el sitio donde se ubica el santuario fue habitado en la antigüedad por las culturas de Cacaxtla al parecer descendientes de la cultura olmeca desarrollando el sitio como un importante centro comercial y religioso.

En el atrio del mismo se ubica un pozo, el cual, según la tradición, fue bendito por San Miguel Arcángel.

Por lo tanto, el agua del pozo es considerada milagrosa por los devotos católicos, y curadora de enfermedades.

El santuario original construido después de las apariciones fue mandado a demoler por el Beato Juan de Palafox en 1643 para que se construyera una ermita más grande el cual es con algunas remodelaciones el templo actual, mismo que el consagró.