Llegaron a Ocotelulco a mediados de 1524 y se alojaron en unos salones del palacio del tlatoani Maxixcatzin, los cuales se sabe les fueron facilitados por espacio de tres años, mientras construían su primitivo monasterio.
Translatio sedis episcopalis in oppidum Tenuxtitilan approbatur ( La probada sinceridad de tu devoción.
Un paso oculto sobre las arcadas de la calzada une al convento con el aislado campanario.
Su aspecto sobrio indica que su construcción se debe a alarifes probablemente indígenas.
Los amplios salones y corredores sirven hoy al Museo Regional de Tlaxcala.
Un excepcional pasaje oculto que comunica al convento con la torre va sobre esos tres arcos.
Se encuentra totalmente separada del conjunto iglesia-convento, salvo por los arcos y el pasadizo descritos.
El acceso consiste en un arco de medio punto, sostenido por pilastras y un alfíz enmarcado por un cordón franciscano.
Es una superficie relativamente reducida, que se extiende al poniente de la iglesia y el monasterio.
El nuevo atrio se extendía al poniente del monasterio, Pruebas de la existencia de este segundo atrio son, primero, la propia capilla abierta, erigida en la ladera del montículo y orientada hacia la parte baja que se extendía al poniente y, segundo, las noticias que de él registran los cronistas franciscanos.
Ambos atrios fueron creados, al igual que tantos en el siglo XVI, para esa función tan específica y primordial del momento de la conquista espiritual: la reunión y la evangelización de las masas indígenas, que en Tlaxcala se llevó a cabo con éxito, ya que el mismo Hernán Cortés, a su paso por allí, dejó la base de la catequización al haber bautizado entonces a los cuatro caciques tlaxcaltecas.
Los atrios fueron el lugar esencial de ese trabajo: allí los frailes adoctrinaban, impartían sacramentos, enterraban difuntos, enseñaban a leer y escribir, montaban obras teatrales, realizaban procesiones y decían misa.
Este atrio bajo debe haber ido desapareciendo a partir del momento en que la capilla abierta baja dejó de utilizarse, como ocurrió en general con todas las capillas abiertas novohispanas, que cayeron en desuso y se volvieron obsoletas a fines del siglo xvi, cuando se alteraron las circunstancias que hacían posible su razón de existir.
Paulatinamente se fue perdiendo todo rastro de él, con las construcciones que invadieron los alrededores del convento.
En el sagrario, revestido de hermosos retablos barrocos y notables pinturas al óleo.
Su interior es de forma semiexagonal, con una puerta al centro y dos ventanas adinteladas que permiten ver sus primitivos arcos.
Se localiza en el atrio superior al extremo sur poniente, del exconvento de San Francisco.
Conserva además una bella capilla abierta, un llamativo campanario aislado del templo, y una arcada que da acceso al atrio, características muy particulares de éste convento, que es una de las primeras construcciones religiosas erigidas en México.
Este importante recinto cultural se encuentra ubicado en lo que fuera el claustro del convento de San Francisco.