Después de su desamortización el edificio tuvo varios usos civiles, siendo durante muchos años una cárcel.Este regresó a Toledo, y la obra fue comenzada por Juan de Vidaña.La muerte del duque acaeció en 1550 legando al monasterio su dinero, alhajas y su riquísima biblioteca.Las obras del monasterio se continuaron veinte años después con menor disposición económica.En 1811 los frailes abandonan el monasterio ante la inminente llegada de las tropas francesas, permaneciendo deshabitado hasta 1814.En 1835 se produce la exclaustración definitiva, pasando el monasterio y sus propiedades a manos del Estado.Durante las décadas de 1970 y 1980 fue un colegio público, llamado Reina Doña Germana.Comprendieron asimismo delicadas actuaciones de restauración arquitectónica –restitución constructiva, espacial y morfológica-centradas, particularmente, en los cuerpos y elementos de edificación del antiguo convento jerónimo que habían sufrido mayor alteración: el claustro sur, sus dependencias circundantes, las torres originarias y los pabellones que cierran el frente oriental del monumento.La iglesia era de una nave abovedada con cinco capillas entre contrafuertes a cada lado y cabecera recta.Tras la cabecera se encontraba un pequeño claustro con la residencia del abad y la enfermería.El claustro está dividido en dos plantas, en la sur se encontraban las dependencias comunes tales como: la sala capitular al este, la librería al sur y el aula para leer y capilla de los Reyes en el lado oeste.En el interior emplea pilastras toscanas de orden gigante con fuste acanalado y el tercio inferior con una acanaladura diferente.La portada de la iglesia está orientada a oeste sobre la fachada principal del conjunto, recayente a la anteplaza junto al camino real de Murviedro, y se concibió con sus dos torres gemelas, cuadradas.El cuerpo superior debió realizarse posteriormente al incorporar columnas salomónicas dejando en el centro un vano rectangular.En 1756 se decidió derribar el claustro norte del originario convento cisterciense a causa de su mal estado.La construcción de los pabellones del nuevo claustro norte siguiendo las trazas renacentistas fue comenzada en 1763, y desarrollada con tal lentitud, que en 1768 aún se disponían a cubrir el cuerpo de levante.
Vista del conjunto
Portada
Uno de los claustros
Estatua de san Jerónimo con el león
Portería del monasterio
Torres de la portería
El monasterio al atardecer. Fachadas recayentes a las avenidas de la Constitución y a la de Hermanos Machado
