San Lorenzo tiene un clima tropical cálido y húmedo durante todo el año.
La precipitación anual es casi 2000 mm, con máximas de alrededor de 300 mm en los meses de diciembre a febrero, mientras que en julio y agosto se presentan valores bajos que rondan los 50 mm.
La población de la localidad apenas ha cambiado en la década transcurrida entre los dos últimos censos: San Lorenzo de Moxos está ubicado fuera de las carreteras nacionales de Bolivia, a 151 kilómetros por carretera desde Trinidad en los humedales del río Mamoré.
Desde Trinidad, la Ruta 3 se dirige al oeste hacia La Paz.
En la localidad hay una pista de aterrizaje en el extremo noreste del asentamiento a la que se puede acceder en aviones pequeños.