En 1528 Achiutla pasó a formar parte de la encomienda de Francisco Maldonado su verdadero titular, Ñuu Ndecu le tributaba 48 tejuelos de oro en polvo, para poder pagar ese tributo, los señores naturales incluso vendían sus hijos y mujeres y aun así, si no se completaba el oro, les daban muchos palos y azotes (Pérez Ortiz, 2009).

En 1550 su encomienda y en ella “Achiotla” (Achutla), pasó a doña Isabel de Roxas (Rojas) su mujer.

Los dominicos se establecieron finalmente en 1557 en Ñuu Ndecu fundando su comunidad que al tiempo destruiría templos e ídolos y construiría el primer templo cristiano dedicado a San sebastían, hoy en ruinas al lado norte del camino y al pie de la pirámide convertida en cementerio; y posterior a 1570, el gran "convento-doctrina" construido sobre un gran basamento piramidal, que también fue dedicado a San Sebastián y posteriormente a San Miguel Arcángel.

Entre los religiosos dominicos que llegaron a Achiutla estaba Fray Benito Hernández quien redactó su Catecismo cristiano escrito en lengua mixteca,[11]​ y a quien se atribuye la evangelización de los mixtecos de Ñuu Ndecu; que continuaban practicando sus antiguas costumbres religiosas en forma oculta en las cuevas y cerros cercanos al lugar, devociones que combatió destruyendo ídolos y “bibliotecas” de códices, por lo que los indios casi lo mataron de hambre no proporcionándole alimentos, sin lograrlo porque otros consiguieron hacerle llegar comestibles.

Para 1580 había pocos pobladores españoles en las comunidades mixtecas de las montañas, ya que evitaban en lo posible visitarlas por temor a sus habitantes.

La obra tiene varios niveles: En el deteriorado calce se alcanza a leer: “F.

San Juan Achiutla no cuenta con archivo municipal por lo que prácticamente es imposible hacer una historia basada en la fuente documental.

El Tribunal consideró fueron vulnerados los derechos de las mujeres a: En consecuencia decretó: Dicha resolución, correcta, no fue cumplida.

Véase lo que dice al respecto Ronald Spores: En San Juan Achiutla se conservan las siguientes antiguas tradiciones culturales: La tradicional fiesta patronal y mayordomía de San Juan Achiutla se festeja cada 27 de diciembre.