Fue cofundador del Centro de Investigaciones Superiores del INAH (CISINA), junto con Guillermo Bonfil Batalla y Ángel Palerm Vich, (hoy Centro de Investigaciones y Estudios Superiores en Antropología Social).

En Regiones de Refugio (1967), explicó como la presión política, económica y demográfica no india, obligó a las comunidades indígenas a refugiarse en selvas tropicales, desiertos o altas montañas.

Escogió la política, "para participar en el destino de la gente y transformarlo".

Centro Regional de Educación Normal "Dr. Gonzalo Aguirre Beltrán" [3]​ Gonzalo Aguirre Beltrán dejó un gran legado intelectual con el cual se puede entender la realidad mexicana desde múltiples enfoques teóricos e interdisciplinarios.

Su obra se caracteriza por la radical indivisibilidad entre teoría y praxis.

Dentro de sus investigaciones se hallan constantes teóricas e ideológicas como lo son el nacionalismo, el indigenismo, la política pública, el positivismo, los procesos aculturativos, la integración de grupos marginados a los Estado-nación, el populismo, el pensamiento revolucionario y posrevolucionario mexicano.