La primera palabra, a su vez, está compuesta de cuáuhuitl: "Árbol"; xo: "De", ixitl: "Pie" y necuilli: "Torcedura" o sea, el cuajinicuil, un árbol de la familia de las leguminosas del género Inga, cuyas especies abundan en la América interítsmica; produce largas vainas o legumbres con semillas envueltas en una pulpa comestible, lo mismo que los cotiledones, que se cuecen como verduras y sancochados son sabrosísimos.

Cuahxonecuilapan, en castellano, se traduciría río o arroyo de los cuajinicuiles.

En 1531 una insurrección tlapaneca ocasiona la huida masiva de los lugareños y la villa es paulatinamente abandonada.

En ese siglo XVI la población indígena fue desapareciendo debido a las guerras, la represión y las enfermedades.

La región fue convertida en un emporio ganadero que abastecía a la colonia de carne, pieles y lana.

Los siglos transcurrieron con abandonos, nuevos repartos territoriales, conflictos armados, etcétera.

Hacia 1878 se instaló en Cuajinicuilapa la casa Miller, que fue fundamental en el devenir de la región durante el siglo XX.

Los ancianos afirman que entonces “Cuajinicuilapa era un pueblo con apenas 40 casitas de zacate y techo redondo”.

La zona boscosa se compone de árboles como: Cacahuananche, cuailote, espino o cornezuelo, cubato o huizache, parota, caoba, cuapinole, bocote, mata de zanate, parota, roble, pochota, caraca, liro etc. también existen pequeñas superficies de llanuras localizadas al sur del municipio.

La fauna presenta especies conocidas como: Armadillo, garza, avispa, conejo, tlacuache, zorrillo, escorpión, rata, ardilla, camaleón, gato montés, tigrillo, murciélago, tlacuache, tejón, ratón, tuza, venado y zorrillo.

Dentro de los animales acuáticos se encuentra: Alaguate, blanquillo, blanquito, camarón, cangrejo moro, colorado y morado, caracol, cazón, cuatete, cucaracha, langostino, huachinango, langosta, lisa, mojarra, ostión, pargo, róbalo, sierra, pulpo etc.

Sus principales recursos naturales son su flora enriquecida con bosques maderables y su fauna que es muy variada, así como sus recursos hidrológicos entre los que se encuentran sus ríos, arroyos y lagos.

La actividad ganadera es la más importante del municipio, se cuenta con una superficie de agostadero y el 100 por ciento son pastos naturales.

Los Bajos están formados por arenilla y tierra prieta depositada por las avenidas anuales de los ríos.

Se hallan ocupados por pantanos en cuyas superficies florece una vegetación de lirios y nenúfares.

Se han convertido en la mayor parte en una serie de comunidades del municipio como El Cuije y La Petaca.

Sus contenidos ofrecen datos importantes de la historia, la antropología y la etnografía del lugar.

La exhibición cuenta con mapas, maquetas, dioramas, gráficas, textos, dibujos, documentos, grabados, facsímiles, fotografías, trajes, máscaras e instrumentos musicales.

Gran parte del municipio es de pastizales aptos para la agricultura y la ganadería.

A pesar de que es el centro comercial más grande del municipio rural solo cuenta con dos pequeños supermercados, tiendas varias y un mercado municipal, tradicional, tiene un alto grado de marginación socioeconómica.

Recientemente fue construida en la ciudad la unidad deportiva "José Guadalupe Salvador Cruz Castro".