San José de Fragua tiene bajo su jurisdicción los siguientes Centros poblados: En la época precolombina, el territorio del actual municipio de San José del Fragua fueron los indígenas pertenecientes a la cultura Inga.

Las leyes y normas establecidas por el Gobierno Nacional desde 1828, encaminadas a promover la colonización, no lograron consolidarla, por lo que se implanta entonces la estrategia política de defender la soberanía nacional.

Esto trajo a esta región algunos colonos, pero no en el número en que se esperaban, debido al conflicto colombo-peruano de 1932.

El incremento de la colonización tuvo su origen en los crecientes conflictos generados por terratenientes que desplazaban a campesinos en los departamentos de Huila, Tolima y Viejo Caldas, además del desempleo creciente en el interior del país, el avance de políticas neoliberales en el campo y las acciones del Estado, que interesado en poblar estas tierras para reforzar las fronteras, fue incapaz de remover las antiguas estructuras agrarias fundadas en el latifundio.

En la misma ruta, bordeando la cordillera, comenzaba la ocupación del Fragua Chorroso, el sitio que varios años después se escogería para fundar el caserío de San José del Fragua.