Acudió a Michoacán a la búsqueda de su compañero Pedro Bautista, quien había partido en misión evangelizadora de los indígenas chichimecas y del que no se tenían noticias.Realizaron el viaje separados, arribando San Miguel en Nagasaki y Bautista en Hirado, donde se reencontraron todos los miembros de la embajada para poner rumbo posteriormente a Nagoya, donde planeaban reunirse con el emperador.Con él murieron cinco religiosos de su Orden, tres jesuitas japoneses y diecisiete franciscanos terciarios japoneses, conocidos colectivamente como los “mártires de Nagasaki”.Tenía 52 años en el momento de su muerte, según recoge Fray Juan Pobre, testigo del martirio, en la segunda parte de su Historia eclesiástica.Fue beatificado por Urbano VIII en 1627 y canonizado por el Pío IX en 1862.
Ermita de San Francisco de San Miguel en su localidad natal
