En una gran transformación y expansión, en 1995 el museo se trasladó a su ubicación actual, 151 Third Street, junto a Yerba Buena Gardens en el distrito SOMA y de su icónica instalación arquitectónica diseñada por el arquitecto suizo Mario Botta.
El jardín al aire libre está diseñado para ser una galería sin techo y se espera que abra en la primavera de 2009.
El museo tiene en su colección importantes obras de Jackson Pollock, Richard Diebenkorn, Paul Klee, Marcel Duchamp y Ansel Adams, entre otros.
También está disponible en línea una biblioteca digital a fin de que a la colección permanente se pueda acceder y ser vista desde cualquier parte del mundo.
El St Regis Museum Tower, W Hotel San Francisco y el edificio PacBell se encuentran justo al lado del museo.