La unidad geológica de San Fernando es Cenozoica, con depósitos fluvio-lacustres, marinos, glaciales y volcánicos.

Topográficamente el municipio es completamente plano y abundante en humedales ricos en recursos ictiológicos.

Entre los caños más importantes tenemos: El Mono, El Violo, La Guadua, El Limón y Guataca.

Dentro del complejo cenagoso sobresalen las ciénagas de Menchiquejo, Guatizo, Cazanga, Agudelo, Pajaral, El Rodeo, Agudelito, El Saco, Los Hinguenzos, Cascajal, Huracán y la Ceiba entre otras.

Según la Precipitación Total Anual (milímetro por año) San Fernando presenta entre 1.000 a 2.000 mm/año.

Incluye el dato adicional que San Fernando presenta aproximadamente 50 días con lluvias durante el año.

Todas estas tribus estaban bajo el dominio del Cacicazgo de Mompoj tras adscripciones hechas por alianzas y pactos entre estos pueblos.

Pero su resistencia no fue permanente y cayeron bajo dominio español, razón que éstos atribuyeron para decidir su destino.

Pero los indios desterrados por personas ajenas al territorio que desde hace siglos estaba en su poder vieron nuevamente como su pequeño territorio empezó a ser invadido por otros colonos lo que hizo elevar una petición al Virrey Solís en el año 1750 con el fin de determinar los límites del terreno correspondiente a su resguardo.

El ordenamiento territorial durante la Nueva Granada (1843-1857) cambia sin éxito los nombres de algunas aldeas.

Grandes buques de vapor y luego las navieras viajaban constantemente desde Barranquilla a La Dorada (Caldas).

En su paso por San Fernando atracaban obligatoriamente a recoger ganado de la hacienda La Esmeralda y leña en el puerto conocido como la Manga.

Esta actividad le produjo a Domingo Baena, grandes ganancias, al punto que se convirtió en una de las personas más ricas del pueblo.

Con relación a la actividad ganadera, existieron en esa época, fuera de la hacienda La Esmeralda, otras personas con hatos ganaderos, entre los cuales se destacaron las familias Pérez Rangel y Pérez Fernández, quienes compartían dos fincas que poseían el mismo nombre, Flor del Campo, identificables precisamente por los respectivos apellidos; la Vega Surmay, dueños de fincas en Guasimal y Lázaro y la Silva Pérez, dueños de la finca Los Jobitos y La Sabana de Peralejo.

El tabaco se convirtió por su consumo, en un artículo de primera necesidad y, por razones obvias, en una actividad comercial muy lucrativa.

El tabaco que se consumía era traído del Carmen, Córdoba, Zambrano, Plato, Tenerife, Pinto y Tacamocho.

Se llega a San Fernando siguiendo estas rutas: Letra compuesta por: Mario Flórez López.

La franja superior de fondo verde, significa frondas frescas, follajes exuberantes.

Una mascarada con un gorro frígido sostenida por un asta dejando entrever la picardía, la alegría, lo quimérico, lo emotivo, lo carnavalesco del teatro de la ribera.

La franja central muestra la riqueza hídrica, ciénagas, lagunas, caños, humedales y hermosos paisajes.

El río es la principal arteria que irriga y da subsistencia a los pobladores.

Por último la franja inferior, sobre fondo rojo, vemos el mapa o delineamiento del municipio, una corona de oro con piedras preciosas y un cetro alusivas a su patrono San Fernando Rey.

El lienzo o bandera de San Fernando, cumple con el orden cromático universal, en cuanto al color de sus tres franjas que la conforman, alusivas al Municipio: verde, blanco y rojo.

El color verde significa las riquezas de vegetales, la fauna y la flora del municipio.