Entre los años 1928 y 1930 llegaron los primeros pobladores a la actual San Alfredo, con la misión Salesiana "Puerto Alegre" encabezada por el monseñor Sosa Gaona.
Ya durante el gobierno del presidente Alfredo Stroessner, alrededor de 1955 pasó a denominarse oficialmente "Colonia San Alfredo" en honor a dicho presidente que recién había asumido el cargo.
Además posee plantas de calerías en compañías como Itacuá, Guyratí e Itapucumí.
Los pobladores que viven en la zona ribereña del distrito se dedican a la pesca.
se ofrece alojamiento en establecimientos cercanos, con cabañas rústicas y áreas de camping.