El padre de Samuel, Michael Brekner, fue ennoblecido en 1724, recibiendo el apellido noble von Brukenthal.
Adquiría artículos en Viena, ya sea personalmente o a través del pintor Johann Martin Stock.
Algunas pinturas provienen de colecciones más antiguas, como la del archiduque Leopoldo Guillermo, otras se compraron en el mercado del arte o directamente a artistas de la época (Martin van Meytens y Franz Neuhauser el Joven).
En 1777 fue nombrado gobernador del Gran Principado de Transilvania, cargo que ocupó hasta 1787.
Tras la muerte de la emperatriz María Teresa de Austria, Samuel von Brukenthal cayó en desgracia con su hijo, el emperador José II, y se vio obligado a dimitir como gobernador.
En 1779 construyó el Palacio Brukenthal en Sibiu, en estilo barroco tardío, siguiendo el modelo vienés.
El magnífico espacio de esta residencia, que albergaba las veladas musicales y literarias patrocinadas por el barón, las galerías de arte, la imprenta y la biblioteca, fueron un núcleo espiritual excepcional para Transilvania.
En caso de que la descendencia masculina muriera, las colecciones serían administradas por una fundación y pasarían a ser propiedad del Gimnasio Evangélico de Sibiu, cuyo edificio encargó reformar.
En 1867, el barón Joseph von Brukenthal, uno de los herederos, legó el palacio (que había sido un museo al público desde 1817) a esta fundación.