Continuó estudios superiores en la Universidad de Edimburgo (Escocia, Reino Unido) y empezó a ejercer en Filadelfia en 1824.
Su primer ensayo médico, sobre el uso de la cornina para tratar la fiebre intermitente, fue publicado en la revista científica Philadelphia Journal of the Medical and Physical Sciences en 1825.
Morton declaró que podía determinar la capacidad intelectual de una raza según el tamaño del cráneo.
Un cráneo grande implicaba un cerebro grande y destacadas capacidades intelectuales, mientras que un cráneo pequeño indicaba un cerebro pequeño y pocas capacidades intelectuales.
Sus grandes monográficos sobre el tema serían Crania Americana (1839),An Inquiry into the Distinctive Characteristics of the Aboriginal Race of America y Craneana Aegyptiaca (1844).