A lo largo de las costas, en general escarpadas y poco seguidas, se abren llanuras.

Cerca de la costa, los montes son más suaves, con vegetación mediterránea.

Era una de las doce ciudades que formaban la Dodecapolis jónica junto con Quíos, Clazómenas, Colofón, Éfeso, Eritras, Lebedos, Mileto, Miunte, Focea, Priene y Teos.

Supo imponer su hegemonía al archipiélago y hacer de la ciudad el más poderoso Estado marítimo del mar Egeo.

Estos invadieron la isla y pusieron sitio a la ciudad durante cuarenta días, pero sin obtener la victoria, por lo que se retiraron.

[11]​ En tiempos de Polícrates se realizaron grandes construcciones en Samos: un gran templo dedicado a Hera, un palacio que fue reconstruido más tarde por el emperador romano Calígula (37-41) y el acueducto o túnel de Eupalino.

Meandrio huyó de Samos pero su hermano Carilao se enfrentó a los persas.

Pericles intervino con cuarenta naves, impuso la democracia en Samos y dejó allí una guarnición.

Atenas no pudo aceptar esta situación y envió más naves.

En el 366/5 a. C., estando Samos en posesión de los persas, los atenienses, comandados por Timoteo, la conquistaron y establecieron en ella una cleruquía.

Los samios pasaron 43 años en el exilio y volvieron a la isla en el 322 a. C., en tiempos de Pérdicas.

El sultán otomano nombró primero a los gobernadores turcos (beys) como príncipes de Samos.

Precisamente Samos fue uno de los principales centros de la creación del estilo jonio, el lenguaje artístico internacional del siglo VI a. C. Entre los artistas samios destacó Teodoro, escultor y broncista.

Todo esto resultaba aún parcialmente visible en el siglo XIX, cuando Franz Humman (1862) hizo reedificar el muelle grande sobre el mismo trazado del antiguo, utilizando, al menos parcialmente, las ruinas.

El puerto moderno de Pithagorio, con sus dos pequeños muelles y un largo brazo que se extiende al sur del Kastro en dirección a Mícala, fue construido en el siglo XIX sobre las ruinas del antiguo.

Es de suponer que la superficie encerrada por la muralla nunca estuvo totalmente urbanizada.

No obstante, en época del emperador romano Augusto (r. 27 a. C.-14 d. C.) debía encaramarse por las primeras pendientes de las colinas.

Polícrates mandó excavar en los puntos más expuestos de las fortificaciones un gran foso, hallado por los arqueólogos.

[28]​ En el siglo VI a. C., Polícrates comenzó la reconstrucción del gran templo de Hera, que poco tiempo antes había sido destruido por un incendio.

El nuevo edificio tenía un planteamiento todavía más imponente, pero no fue nunca completado.

La acrópolis bañada al sur por el mar, tenía a sus espaldas el ágora, situada asimismo en las cercanías del puerto.