En el 2003 mediante una licitación el club ingresa en la Segunda División Profesional de Uruguay, concretando en ese mismo año su mejor campaña ubicándose finalmente en la 7° posición.

El club no volvió a participar en el fútbol profesional desde entonces, aunque en febrero de 2014 se envió una nota a la AUF solicitando el retorno a la competición no teniendo respuesta satisfactoria, en 2020 dos exjugadores de fútbol (Gonzalo Silva y Braian de Barros) salteños ambos deciden nuevamente reflotarlo junto a empresarios capitalinos, El club ahora es conducido por una sociedad anónima de nombre Salto Futbol Club SAD.

[3]​ y se anuncia su regreso a la 1° División Amateur (C), para la temporada 2021, teniendo el 90% de sus jugadores oriundos del departamento según lo planeado.

Tanto en el escudo como en la bandera institucional, predomina el color naranja característico del club.

La Naranja ya compitió a nivel profesional en campañas anteriores, utilizando el Estadio Ernesto Dickinson como escenario principal.