Nació en Jaffa en 1945, cuando la región estaba bajo mandato británico, pero su familia tuvo que huir en 1948.
Se refugiaron en las cercanías de Ramala, en Cisjordania, donde Samir cursó estudios en el Birzeit College.
Se licenció en Ciencias Políticas en la Universidad Drew, en Nueva Jersey, y obtuvo un máster en sociología en la Universidad de New Hampshire (Estados Unidos).
A partir de 1991, formó parte del comité sobre refugiados que participó en las negociaciones de paz que se iniciaron en Madrid.
En septiembre de 1994, fue nombrado director del Institute for Jerusalem Studies, una filial del Institute of Palestine Studies con sede en Beirut, que publica la revista Jerusalem Quarterly File, de la que es editor.