También se le conoció como Tuol Sleng cuyo nombre significa en idioma jemer «colina de los árboles venenosos».

Las antiguas aulas fueron subdivididas en pequeñas celdas individuales de ladrillo y en los pisos superiores se dejaron para reclusión colectiva.

El primer nombre que recibió la prisión fue Oficina 15 entre abril y octubre de 1975.

[3]​ En los primeros meses del régimen, Duch repartió su tiempo entre organizar la prisión y dirigir pequeños centros de interrogación cercanos a nom Pen.

Pronto el lugar atrajo periodistas, escritores e investigadores, los cuales fueron los principales encargados de registrar, microfilmar, analizar y sistematizar todas las evidencias producidas en la prisión.

El acto fue supervisado por los jueces Judy Ledgerwood, John Marston y Lya Badgey.

Dicho propósito se cumplía arrestando a todo aquel que fuera sospechoso de colaborar con alguna fuerza extranjera, especialmente vietnamita, soviética o estadounidense, que hubiera colaborado en el pasado con elementos contrarrevolucionarios o fuera sospechoso de ello y cualquier otro motivo que pusiera en duda la absoluta lealtad de los militantes jemeres rojos.

Los arrestados eran llevados al lugar con los ojos vendados y, finalmente, el carácter secreto de Santebal era garantizado con la muerte del prisionero.

Los altos mandos de los jemeres rojos como Pol Pot, Nuon Chea, Khieu Samphan, Son Sen y Ta Mok, no se referían a la prisión en público.

El lugarteniente de Duch fue Khim Vat (camarada Ho), quien dirigió varias interrogaciones y torturas.

Peng decidía qué prisioneros debían ser interrogados, dejados o llevados para ejecución.

Según el testimonio del artista Vann Nath, Peng recorría la prisión con Duch.

Estuvo encargado de interrogar prisioneros importantes y causó torturas extremas.

Hun Hey dramatizó el documental, al lado de sus antiguos compañeros, la manera cómo se interrogaba a las víctimas.

Estas eran progresivas, es decir, el prisionero era remitido de una unidad a la otra hasta su ejecución final.

Las unidades de interrogación estaban coordinadas por Prok Khoeun, la única mujer del Partido que trabajó como mando en S-21.

Los equipos de tres personas seguían la misma estructura del Partido: un jefe, un anotador suplente y un tercer miembro al cual se le nominada "guardia" y era el principal torturador.

Las principales normas generales eran las siguientes:[29]​ De manera más detallada y especialmente en los momentos de interrogación, el prisionero debía conocer las siguientes normas: Todas las personas que trabajan en S-21 tenían que seguir también una disciplina estricta, especialmente en su relación con los prisioneros.

Los carceleros tenían absolutamente prohibido mostrar simpatías por los prisioneros, dudar en algún momento de su culpabilidad o retardar los procesos.

Hasta febrero de 2009 se pensaba que solo siete personas sobrevivieron (todos varones), entre ellas el célebre artista nacional Vann Nath.